Pfarrerin Wanda Krüger regt die Namensgebung der Kirche an. Sie holt das Einverständnis der Familie Bonhoeffer ein und betreibt die organisatorischen Vorbereitungen. So können 1996 gleich zwei Feste gefeiert werden: »100 Jahre Friedrichsbrunner Kirchturm« und die »Namensverleihung Bonhoeffer-Kirche«.
Seit dem Sommer 2010 erinnert die Plastik »Balkentragender Christus« der Berliner Bildhauerin Anna Franziska Schwarzbach an das Geschick der Familie im Widerstand gegen Hitler. Vier in den Boden eingelassene Gedenkplatten tragen die Signaturen der Mitglieder der Bonhoefferfamilie, die 1945 von den Nationalsozialisten ermordet wurden: Klaus Bonhoeffer, Rüdiger Schleicher, Hans von Dohnanyi, Dietrich Bonhoeffer.
Karl und Paula Bonhoeffer verlieren 1945 zwei Söhne und zwei Schwiegersöhne. Emmi Bonhoeffer, geb. Delbrück, verliert ihren Mann, Klaus Bonhoeffer. Ihre Kinder Thomas, Cornelie und Walter verlieren ihren Vater. Ursula Schleicher, geb. Bonhoeffer verliert ihren Mann, Rüdiger Schleicher. Ihre Kinder Hans-Walter, Renate, Dorothee und Christine verlieren ihren Vater. Christine von Dohnanyi, geb. Bonhoeffer, verliert ihren Mann, Hans von Dohnanyi. Ihre Kinder Barbara, Klaus und Christoph verlieren ihren Vater. Maria von Wedemeyer verliert ihren Verlobten, Dietrich Bonhoeffer. Die Bonhoeffer-Geschwister Karl Friedrich, Ursula, Christine, Sabine und Susanne verlieren zwei Brüder.